Книги MySQL

Для этого книги не нужны. В гугле легко ищется. Для начала найди, как ставить lamp на твой дистрибутив, и изучи, какие устанавливаемые пакеты за что отвечают.

в смысле как происходит взаимодействие? Есть php, есть mysql. mysql слушает сокет. есть модуль php-mysql, который дает программисту апи работы с mysql, и взаимодествует с mysql через этот самый сокет.

чтоб проще было работать, сейчас есть php-pdo, а еще есть горы всяких ORM библиотек. Я уже пару лет как потиху свой велосипед https://github.com/ThingEngineer/PHP-MySQLi-Database-Class