RoR App

Не эксперт, но ничего криминального не вижу, т.к в продакшене тоже обычно создается один юзер, под которым выполняется деплой, соответсвенно в его домашнем каталоге rvm и установлен. Думаю ок.

А кто security апдейты будет накатывать?

сам пользователь, от которого работает

А на nginx?

https://www.phusionpassenger.com/library/install/nginx/upgrade/oss/#rubygems

RubyGems

If Passenger was installed through RubyGems, then upgrading Passenger involves going through the normal installation process again. Please follow the installation guide that is most relevant to you:


When done, please don't forget to update the Nginx configuration snippet that the installer tells you about at 
the end.

=>

$rvmsudo passenger-install-nginx-module

а почему в talks, а не dev/webdev?

Все на век и меняться не будет? Деплой как организован?

Capistrano?

Неправильно. Код должен выкатываться автоматом ( пакеты, сценарии для puppet и т п ). Насчет изоляции - chroot тебе в помощь.

nginx вообще не имеет смысл отдельно устанавливать. Собери системный пакет с нужной тебе опцией