Потому что монокультуры — это очень плохо. Используется всё из стабильного, ибо если всё таки найдут «очень страшную дыру» в одном из, то хотя бы весь интырнет не накроется сразу же медным тазиком. (И если не ошибаюсь — это и есть официальная причина разнообразия корневых dns.)
А ещё ты про NSD забыл — если не ошибаюсь он тоже используется.
Ну мы использовали BD бэкэнд. Это казалось хорошей идеей. Крутится у тебя несколько серверов с PDNS и база. Сисадмин вносит корректировку в БД. Бинд следил за файлами и перегружал их. А как об изменениях узнавал PDNS? Лично для меня это осталось загадкой. Причем в случае ошибки у нас сразу откатывался конфиг BIND на предыдущий. А с PDNS иногда падало непонятно как. Далее как провайдер мы должны были блокировать некоторые сайты. В BIND это было легко, а в PDNS нужен был обработчик на LUA который обрабатывал ВСЕ запросы. Чуть подробнее не помню, но так как мы не авторити для этих сайтов он даже не лез в базу. А бинд там чего, то ковырял. Лет 7 прошло.
Я так понял, что яб лучше на любом шаблонном движке сделал генерацию BIND конфига с срабатыванием на триггере.