Skype - это адский spyware, устаревший и неподдерживаемый на линуксе, ещё и требующий 32-битные либы в 2016 году. Был неоднократно замечен в том, что шарится по /home как у себя дома (простите за каламбур). Если он нужен, то иного выхода, кроме как поднять винду в виртуалке, нет.
SIP использовать совсем не проще. Поди отыщи ещё провайдера и нужный клиент, и чтобы это всё вместе работало. Гораздо проще через хенгоуты или скайп - там по крайней мере и провайдер и клиент в одном флаконе.