LINUX.ORG.RU
ФорумTalks

Как бы выглядел язык описания поведения живой клетки

 ,


0

4

Вот допустим имеется у нас живая клетка, а лучше многоклеточный организм вырастающий из одной клеточки и мы делаем инструментарий его разработки. Существующие инструменты представляют обычно дрэг энд дроп кусков из библиотеки, что вообще говоря не комильфо, ничего сложного по-настоящему на этом не сделаешь. Пока ясно, что он больше будет напоминать verilog/vhdl, нежели обычный ЯП, так как должен описывать будет параллельные процессы. С другой стороны есть сильно много специфики. Пока в порыве неадеквата обусловленной недосыпом мне привиделась такая конструкция:

always @(adrenaline > 0.1) begin

end
★★★★★

Последнее исправление: ncrmnt (всего исправлений: 1)

Если говорить об описании, нужно определить круг задач, для которых это описание проводится. В противном случае отличным описанием клетки в текущий момент времени будет её атомарная структура. Исходя из размеров клетки, такое описание должно занять что-то в районе 1 ТБ.

Sadler ★★★
()
Последнее исправление: Sadler (всего исправлений: 1)

А как же тег «убервещества»?

Dark_SavanT ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Sadler

Скорее тут идет речь о функциональном описании, а не о дампе физической клетки для последующего реверс-инженеринга.

ncrmnt ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от ptarh

DNA/RNA это скорее уже выхлоп от работы такого языка (Ближайшая аналогия - rtl -> netlist -> топология). Я говорю про высокоуровневое функциональное описание.

ncrmnt ★★★★★
() автор топика

Думаю ключевым будет не синтаксис а структура данных.

sin_a ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от ncrmnt

Высокоуровневый язык будет возможен, когда будет существовать некая «элементная база»: логика и другие функциональные элементы, на основе которых можно что-то генерировать.

Sadler ★★★
()
Ответ на: комментарий от ncrmnt

DNA/RNA это, если хочешь, жесткий диск, где лежит вся информация. Работай с минимальным набором генов и будет тебе счастье. Или не будет. Так как проблема с живыми организмами в том, что у них есть возможность реагировать не только на уровне генов [длинная и нудная лекция почему генетика и полное секвенцирование так и не дали нам обещанных прорывов, скипнуто]. Так что или ты пытаешься сделать что-то очень общее на базе поведения и реакции на окружающую среду, типа «стало слишком жарко -> поползли в сторону», или ты пытаешься целиком моделировать клетку и все процессы, через год понимаешь, что попытки твои бесплодны и вешаешься на люстре.

ptarh ★★★★★
()
Последнее исправление: ptarh (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от ncrmnt

Библиотека чего? Там просто куски ДНК, которыми предлагается оперировать, даже нормальной логики не построишь.

Весь этот процесс будет идти очень медленно без отладки. Нужен какой-нибудь «биопринтер», который сам соберёт клетку по заданной последовательности :D То есть с уровня высокоточной науки необходимо спустить эту область до возможностей энтузиастов, только тогда начнут появляться дешёвые массовые технологии.

Sadler ★★★
()
Последнее исправление: Sadler (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от Sadler

Да уж, цены на синтез ДНК в 15к за 200 базовых пар у нас кусаются. А это еще надо как-то в клетку запихнуть. Ну и для отладки хотя б симулятор был бы вменяемый...

ncrmnt ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от ncrmnt

Ну и для отладки хотя б симулятор был бы вменяемый...

Боюсь, это та область, где разработка симулятора выйдет много дороже, чем синтез. И уж точно синтез даст более точные результаты.

Sadler ★★★
()

Пока в порыве неадеквата обусловленной недосыпом мне привиделась такая конструкция:

отпусти меня чудо трава ... но я бы с удовольствием поучаствовал в разработке такого языка =)

MikeDM ★★★★★
()

Есть разработка с ассемблеро-подобным языком, может быть, даже смогу тебе найти.

takino ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от takino

http://avida.devosoft.org/

an evolutionary system by introducing computer programs that competed for computer resources, specifically processor (CPU) time and access to main memory. In this respect it was similar to Core Wars, but differed in that the programs being run in the simulation were able to modify themselves, and thereby evolve.

Как это связано с текущей темой?

Sadler ★★★
()

Вообще, функциональщина должна неплохо описывать генные сети. Получится, правда, месиво из корекурсивных функций, но мир жесток, и реальная биофизика не сильно лучше этого месива.

userid2
()

Какой язык я не знаю, но базовый словарь вот: "[censor] [censor] [censor]"

Tark ★★
()
Ответ на: комментарий от userid2

Хм... Ну, учитывая какое месиво встречается на верилоге... Я думаю тут не сильно страшнее будет.

ncrmnt ★★★★★
() автор топика
Последнее исправление: ncrmnt (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от ya-betmen
rule "Adrenal gland"
when
    Danger($dValue : value > 0.7)
then
    e = new Epinephrine();
    e.volume = 0,002*calculateEnfrCoef($dValue)
    insert(e);
end

rule "Heart"
when
    Epinephrine($eVolume : volume)
    $heart : Heart($hRate : rate);
then
    $heart.rate = $hRate*calculateRateCoef($eVolume)
end

rule "Brains"
when
    Eyes("Jabberwocky" in visibleObjects)
then
    d = new Danger();
    d.level = 0.99
    insert(d)
end    
ya-betmen ★★★★★
()

параллельные процессы

Речь о внутренних процессах в организме, или о модели его поведения?

rimsleur
()
Ответ на: комментарий от ncrmnt

Бетмен прав. Идея фактов и правил подходит для обоих случаев. И хорошо распараллеливается. Один из таких языков называется COOL.

rimsleur
()
Ответ на: комментарий от Sadler

С темой это связано тем, что процесс включает в себя жизненный цикл клетки: родиться, поглотить ресурс, размножиться.

takino ★★★★★
()

Так ведь уже разрабатывали его, только исходники не открыли. Разрабатывали при помощи генетического алгоритма с симуляцией кроссвидовых связей.

1. В начале было Слово, и Слово было у Бога, и Слово было Бог.
2. Оно было в начале у Бога.
3. Все чрез Него начало быть, и без Него ничто не начало быть, что начало быть.

proud_anon ★★★★★
()
Последнее исправление: proud_anon (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от proud_anon

Можно, кстати, сделать из этого вывод, насколько тормознутыми бывают генетические алгоритмы.

userid2
()

Зависит от того что собирался описывать.

Есть например SBML, но это лишь язык описания моделей.
Для описания биохимических путей есть KEGG (но опять же, это чисто описательная штука).

Если описывать поведение с целью разработки чего-то нового то тут появляются следующие трудности:
1) Все взаимодействует со всем, поэтому о стандартных деталях в обычном понимании следует забыть (может разработчики микросхем уже напарываются на подобное, не знаю как они дотачивают конкретные транзисторы под конкретное окружение)
2) Процессы вероятносны, так что логика должна быть нечеткая. А человеки плохо умеют в нечеткую логику.
3) В тех же базах взаимодействия молекула-белок могут быть ошибки или несоответствие конкретной ситуации (например из-за окружения белок внезапно меняет форму и теряет специфичность).

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от MikeDM

Ога. Как минимум для адекватной симуляции надо будет делать спец асик, и то не факт что будет вменяемо.

ncrmnt ★★★★★
() автор топика

Как-то слишком высокоуровнево выглядит. Кстати, а как вообще в клетке выглядит подобное сравнение переменной с константой?

vazgen05 ★★★
()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Вообще при разработке топологии на это натыкаются сплошь и рядом, когда ВНЕЗАПНО при каком-то расположении появляется какой-нибудь паразитный диод/транзюк и портит всю малину. Обычно на rtl уровне с этим не запариваются, даже не знают об этом, это в самый последний момент уже на заводе адский софт разруливает. Причём на каждом заводе свой.

ncrmnt ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от fenris

Был скачок, который не сгладил UPS почему-то. Надо выпилить будет упс и задизайнить свой, но все времени нет. Самим одройдам похрен, они на конденсаторах на питании по 10 секунд пахать могут, а вот веники рестартнулись. В итоге git & mysql работают, а тот который с вебстраницами надо руками рестартовать - по ссх не могу попасть, ибо ключ на венике который отрубился. Дома буду через пару дней только. Такие дела.

ncrmnt ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от ncrmnt

ИИ получаем бесплатно воткнув человеческий ДНК как есть в симулятор.

Я обоими руками за, но ты прикинь сколько надо человекочасов и бабла на такие разработки?

MikeDM ★★★★★
()

Я думаю тут лучше подойдет что-нибудь из embedded-языков, типа FBL.

morse ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от ncrmnt

beer&pizza budget оно не взлетит.

вот и я про тоже =)

MikeDM ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Sadler

Боюсь, это та область, где разработка симулятора выйдет много дороже, чем синтез.

Ну если отдебажить язык достаточно для понимания как он работает, то симулятор там будет достаточно простой, другое дело, что пока это на уровне реверс-инжиниринга, в котором научились ломать некоторые ресурсы, научились менять один ресурс другим так, что возможно оно не сломается, но, например, защиту на бесконечное здоровье пока не сняли.

dn2010 ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Все взаимодействует со всем, поэтому о стандартных деталях в обычном понимании следует забыть (может разработчики микросхем уже напарываются на подобное, не знаю как они дотачивают конкретные транзисторы под конкретное окружение)

Они локализуют взаимодействие самих элементов на уровне базового блока и изолируют размещением базовые блоки типа NAND, NOT и возможно некоторых хитрых SOPов, а наводки и другие эффекты в длинных линиях межсоединений моделируют сильно упрощённой моделью. Плюс в микросхемах логика сильно проще, поэтому многие проблемы аналоговых вычислителей им не очень пока интересны.

dn2010 ★★★★★
()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.