Автозагрузка настроек iptables...

iptables-save > file iptables-restore < file

Для запоминания настроек пользуйтесь скриптом /etc/init.d/iptables, который вызывается при загрузке.

В двух словах: при вызове скрипта нужно указать имя, под которым будут сохранены текущие настройки, и имя это - active. Файл настроек сохраняется в /var/lib/iptables/

т.е. нужно скрипт вызывать так:
#/etc/init.d/iptables save active

И будет вам щасте

Спасибо!