Есть конфиругационный файл, где описано с каких консолей может логиниться root. Честно, говоря не помню, как он называется. Имел только однажды с ним дело, когда не мог залогиниться не на одну консоль.
А насчет su. Создай группу, добавь в неё нужного пользователя и разреши выполнение только root и этому пользователю. Ты думаешь права для файлов придумали просто так?
> и как Вы решили эту проблему
Прописать в /etc/securetty требуемое устройство (консоль) и все. А еще не плохо было бы посмотреть /etc/security/access.conf, а также настройки PAM (/etc/pam.d/login).