Будет что-то вроде этого
# создадим /dev/loop0 на разделе /dev/hda12 со случайным ключом шифрования
losetup -e AES /dev/loop0 /dev/hda12 < /dev/random
# "создадим" SWAP на шифруемом /dev/loop0
mkswap -f /dev/loop0
# активизируем SWAP
swapon /dev/loop0
#Эти три команды должны будут выполняться при каждой загрузке.
#Первый(!) раз желательно заполнить /dev/hda1 мусором
dd if=/dev/urandom of=/dev/hda12 bs=512
Естественно вместо /dev/hda12 надо указать ваш раздел.
Как быть с /etc/fstab не знаю - скорее всего просто закоментировать
строчку со swap-файлом.