LINUX.ORG.RU

Облачные вычисления в науке и воркшоп по биоинформатике

 , , ,


3

5

Привет ЛОР!

Мы с товарищами из FutureBiotech решили тут делать научпоп в формате стримов, посвященных всему, что связано с современной биологией: открытия, лекарства, технологии. Это такие апгрейженные онлайн-трансляции, где мы очень внимательно читаем комментарии в чатах и отвечаем на вопросы зрителей. Форматы бывают достаточно разные - стримы прямо из лабораторий, интервью с людьми «в теме», трансляции интересных мероприятий из области.

В этот раз мы стримим лекцию и воркшоп по биоинформатике:

Наверняка вы слышали кучу страшилок про то, что антибиотики скоро перестанут работать и человечество вымрет под гнетом инфекций от суперустойчивых бактерий. Но как же это происходит? Почему бактерии приобретают устойчивость и как они ее передают.

Сегодня в об этом расскажет обворожительная Анна Костикова, PhD в области вычислительной биологии и сравнительной геномики, University of Lausanne, Switzerland. В вводной лекции она раскроет роль облачных вычислений в биоинформатике, а в ходе воршкопа каждый сможет самостоятельно попробовать что это такое - использовать топовые научные инструменты для анализа геномов бактерий.

Ждем вас в физическом воплощении в Ключе или в 19:30 на наших канал на SC2TV и YouTube.

P.S. Записи прошлых стримов можно посмотреть на YouTube.

P.P.S. И да, смотреть можно в HTML5 а для стриминга а используется опенсорсный OBS Studio иногда даже и на онтопике.

★★★★★

Охренеть, прикольно. Спасибо за анонс.

winlook38 ★★ ()

опенсорсный

Эта дрянь никакого отношения к OBS не имеет. Он свободный, а не это.
А HTML плеер у ютубы всё-равно проприетарщина.

Goury ★★★☆ ()
Ответ на: комментарий от silw

GPL v2 это про свободу.
И videojs тоже про свободу.
И никакого отношения к этому хипстерскому дерьму они не имеют.

Goury ★★★☆ ()
Ответ на: комментарий от Goury

оу, так это все про терминологию open/free? Ок.

silw ★★★★★ ()

Интересно! Это всякие Needleman–Wunsch и подобные?

Подписался на канал. Также реквестирую анонсы стримов тут в комментариях, так как подписался и на тред.

tyakos ★★★ ()

Завтра посмотрю запись. Судя по заявленному в анонсе содержимому лекции, не особо интересно, судя по первым 30 секундам записи — анонс врёт (:

MrClon ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от MrClon

Запись второй части (лекция по горизонтальный перенос + тренинг). Первую часть, про облака и воспроизводимую науку попробую еще как-то обработать - к сожалению после апдейта сетап вел себя как-то нестабильно, победить смогли только ко второй части.

silw ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от tyakos

Оке, с удовольствием буду поддерживать этот тред в актуальном состоянии.

silw ★★★★★ ()

Вот не понимаю я когда на ютюбе вместо слайдов (и опционально маленькой иконки диктора) показывают крупным планом машущее руками тело и где-то на заднем плане кусок экрана с презентацией на которой нихера не видно

af5 ★★★★ ()
Ответ на: комментарий от af5

У нас есть разные сетапы, например тут отдельно захыватывается презентация. Мне просто казалось, что в Ключе достаточно хорошая камера и презентацию хорошо видно. Но буду иметь в виду, поправим.

silw ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от silw

Присоединяюсь к предыдущему оратору. Нормально снять экран проектора и человека одновременно всё-равно не получится, экран слишком яркий. Надо захватывать слайды. Жаль при этом не видно что на них показывают лазерной указкой.
Кстати как вы слайды захватываете? Я на днях попробовал стримить ffmpeg-ом на комп с которого идёт стрим уже в интернет, получается либо слишком высокая нагрузка на проц, либо слишком ужасная картинка, либо слишком жирный поток либо всё сразу. И в любом случае задержка не меньше секунду.

MrClon ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от MrClon

Ну вот по ссылке в посте, на который вы отвечали захват в реальном времени а не постпродакшн, можете оценить задержку.

Вообще я делал захват кучей способов. Но если схема на двух компьютерах - то самый простой вариант такой.

На компьютере докладчика поставить VLC и запустить такой скрипт:


silwer@xwing ~ $ cat ~/Documents/vlc/youtube_live/slave.sh 
#!/bin/bash
/usr/bin/cvlc screen:// --screen-fps=25 --live-caching=100 --sout-mux-caching=100 --clock-jitter=0 --sout '#transcode{vcodec=MJPG,vb=2000,scale=1}:std{access="http{mime=multipart/x-mixed-replace;boundary=--7b3cc56e5f51db803f790dad720ed50a}",mux="mpjpeg",dst=:8081/screen.mjpg}'

А на компьютере, с которого осуществляется трансляция, соответственно, открыть поток. Например так:

silwer@xwing ~ $ ffplay sl.a.ve.ip:8081/screen.mjpg

Для слайдов хватает более чем. fps можно даже до 15 уменьшить без особых проблем.

silw ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от silw

Пробовал этот вариант, но под виндой (презентацию, скорее всего, придётся показывать из оффтопика, из-за пауерпоинтов и прочих ненужностей вроде prezi). Под виндой у меня VLC от такого крешится

Думаю даже если получится крэш починить, всё-равно лучше VLC не использовать, уж больно он припадочный.

MrClon ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от MrClon

м.. да, там был какой-то нюанс с версией. попробую сегодня глянуть. По поводу стабильности - все ок. Я писал по 4-6 часов таким образом. К тому же, vlc это абсолютно кроссплатформенный вариант.

silw ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от MrClon

показывают лазерной указкой.

Вот, еще одна печаль. Проприетарщины на винду понатыкать ума хватает, а сделать лишний слайд с подсветкой / анимацией сабжа (чтоб вообще не надо было пальцами и указками размахивать) рукожопие как правило не позволяет.

af5 ★★★★ ()
Ответ на: комментарий от af5

Не всегда заранее понятно куда нужно указывать. Точнее так: часто оказывается что указывать нужно было не на то на что ты подумал при составлении презентации.
А ещё статические презентации это Ъ. Их можно сохранить в PDF и показывать хоть с чего.

MrClon ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от silw

Попробовал несколько версий, в том числе 1.8.какую-то, под виндой все крешатся при попытке трансляции экрана по HTTP.
Думаю продолжу с ffmpeg ковыряться.

MrClon ★★★★★ ()
Ответ на: комментарий от af5

В общем вот мой вариант для вещания слайдов с винды. Задержка около секунды, может меньше. Загрузка проца (i5) примерно 20%.

Конфиг ffserver

<Feed stream.ffm>
    File /tmp/stream.ffm
    FileMaxSize 30M
    ACL allow 192.168.0.0 255.255.0.0
</Feed>
<Stream stream.flv>
    Feed stream.ffm
    Format flv
    VideoFrameRate 15
    VideoBufferSize 200
    PreRoll 1
    StartSendOnKey
    Noaudio

    VideoCodec libx264
    AVOptionVideo flags +global_header
    AVOptionVideo preset ultrafast
    AVOptionVideo crf 0
    AVOptionVideo tune zerolatency
    # Хуже цвета, меньше нагрузка на проц
    PixelFormat yuv420p

    # Заменить на разрешение вещаемого экрана
    VideoSize 1366x768
</Stream>


Винда:
.\ffmpeg.exe -rtbufsize 2100M -f dshow -i video="screen-capture-recorder" http://ffserver_addr:8090/stream.ffm
В винду нужно поставить виртуальный девайс для захвата экрана.
Смотреть можно например ffplay http://ffserver_addr:8090/stream.flv

В данном случае ffserver можно запустить на коме с которого вещается итоговый поток, а ffmpeg запускать в вечном цикле. Так можно будет изменить параметры не трогая комп с которого захватывается экран (параметры трансляции задаются в конфиге ffserver и отправляются ffmpeg который хочет на него транслировать).

За сим предлагаю вернуться к исходной теме. Лекцию я так и не осилил, нипанятна! Думаю этот материал лучше-бы зашёл в виде статьи на каком-нибудь шваба-швабре.

MrClon ★★★★★ ()

Извиняюсь за долгое молчание - мой кластер не дает мне расслабиться. Но!

Завтра у нас новый стрим. В этот раз чуть менее технический, зато жизненный.

Мария Склодовская-Кюри и Софья Ковалевская уже внесли свой вклад в науку, а кто же сейчас внедряет передовые технологии на своих хрупких плечах? Легко ли это им дается, или это путь, полный препятствий?

Тему «Женщины в науке» мы обсудим с нашими замечательными гостьями: Софией Зарубиной, аспиранткой химического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова, Софьей Гарушянц, сотрудницей Учебно-научного центра «Биоинформатика» Института проблем передачи информации РАН и Ириной Алексеенко, кандидатом биологических наук, научной сотрудницей Института биоорганической химии РАН.

Стрим состоится 9 июня 20:00 МСК. Смотреть нас можно, традиционно, на YouTube и SC2TV.

silw ★★★★★ ()
Закрыто добавление комментариев для недавно зарегистрированных пользователей (со score < 50)