Если параметры видео одинаковые, то можно сделать быстро, без перекодирования. Я обычно использую mkvmerge (так проще). Если формат исходных файлов не поддерживается этой программой (например flv), я предварительно перепаковываю в поддерживаемый контейнер (mp4, mkv) без перекодирования с помощью ffmpeg.
На выходе будет mkv, если требуется другой контейнер, результат также можно перепаковать в нужный с помощью ffmpeg без перекодирования.