не знаю как сейчас, но раньше что-то отличное от фат не виделось софтом андройда. поэтому делали два раздела на карточке(1-й чтоб оттуда софт линкать, а 2-й под данные). как обстоят дела сейчас я правда уже два года не в курсе.(сижу в противоположном лагере :)) может уже и не надо такого.
Если cyanogenmod то однозначно ext4. Да и большинство кастомных ядер поддерживает ext4, т.е. можно и на стоковых прошивках использовать (хотя скорее всего это будет не так просто как на cm).
Буквально вчера сдох FAT32 после процедуры «Вытащил из своего телефона, вставил в другой и когда вернул флешку на место оказалось что она повреждена». Потом testdisk' ом файло скинул, но куда суперблок делся я так и не понял. Так, что очень ненадежная. Ты самсунговскую ФС запили, она для флешек специально)