Переносы в тексте ссылки не работают

Делай как в википедии[источник].

Мы используем вот эту реализацию: https://github.com/vsch/flexmark-java. Можно попробовать им баг завести.

А переносы строк в движке ЛОР-а точно никак не влияют?

Заведу.

Не должны.

[А так  
работает](https://www.linux.org.ru/)

А так
работает

Вангую, это может быть связано с тем, что в Markdown перевод строки (<br>) — это два пробела в конце строки, в то время как пустая строка — это разделитель параграфов (или блоков в терминах CommonMark, <p> в HTML).

Так что выглядит как логичное поведение.

Но параграфы в ссылках-то тоже можно сохранять. Я же могу сделать <a href=""><p>блаблабла</p><p>хохохо</p></a>?

Я же могу сделать […]

…в HTML, а у тебя Markdown. Хотя одно можно преобразовать в другое, они не эквивалентны.

В Markdown у тебя есть blocks (например, параграфы) и inlines (например, ссылки). Blocks могут содержать inlines, а inlines содержать blocks уже не могут.