смотришь где у тебя линуксовый раздел и если его начало выше ~8 Гб (1024/255/63 в CHS), то.. хм.. гдето я слышал про то, что lilo теперь может загрузиться с более 8 Гб раздела.. но не знаю.. проверить все же стоит.
Потом проверь флажок загрузочного раздела в fdisk'е досовском -- а то может у тебя и стоит грузиться в винду.
Загрузись с дискеты (которую создавал при установке) в /etc/lilo.conf добавь строчку: lba32 если там есть строка: linear убери ее. $ lilo все должно заработать. Удачи.