OpenSuSE 11.1 -> 11.3

Зря ты проскочил ветку. Последовательное обновление Backup -> 11.1 -> 11.2 -> 11.3 должно тебя спасти.

для иксов после обновления драйвера видео надо переустановить - т.к. ядро новое!

java тоже переустановить не проблема

>Имеет ли смысл восстановить систему из бэкапа и обновить с того же диска, но не устанавливать с него дополнительные пакеты, а только обновить существующие?

не имеет. если уже сделал глупость - чини что есть, благо система стартует, и проблемы только с драйвером видео и жабой