iproute2

это зависит от
1) настройки default route
2) настройки службы о которой идет речь (bind ip).

если ни первое, ни второе поменять не получается, то можно натить исходящие пакеты в source, который нужен.

>когда сервер отвечает на запрос, то почему то адрес выставляется от eth0

Сервер отвечает на запрос открывая соедниние к клиенту? Или клиент устанавливает соединение с сервером? Во втором случае нельзя менять src-адрес пакет, иначе он не попадет клентской программе.

Допустим, у сервера два адреса 1.2.3.4 и 1.2.3.5. Eсли клиент коннектится на 1.2.3.4 то от сервера пакеты подут с src-адресом 1.2.3.4, а если клиент коннектится на 1.2.3.5, то с src-адресом 1.2.3.5. А если это не так, то возможно у вас неправильно настроен SNAT (MASQRADE) на сервере в iptables.