Fedora Server постоянно шуршит жёстким диском

Думаю начать с изучения вывода утилиты iotop.

Какой именно hdd? А то может smr диск свои черепицы тусует.

Я на raspberry уменьшил время остановки внешнего диска через 5минут простоя с помощью udev. А так тоже почти постоянно крутился даже без видимой нагрузки

Насчет федоры я хз, а убунта иногда делает так.

apt install iotop

sudo iotop