Есть какие-то нюансы в установке на SATA или ATA диски

НЕТ

В ядрах 2.6 поддержка SATA на месте, диски видятся просто как соответствующие IDE диски. Просто будет непривычно, что ваш системный винт вдруг станет hde. Насчет 2.4-й ветки ничего не знаю, не пробовал, но думаю, что в крайнем случае поможет установка опции в биосе в режим совместимости.