Gnome не работает с железом напрямую. Этим занимается XServer,
и разрешение настраивется только для него в файле /etc/X11/XF86Config
Чтобы было более понятно смотрите соответствующую документацию, в
часности XFree FAQ на http://www.xfree.org, а также man/HOWTO/doc