Если исходники установлены, лезь в /usr/src/linux. Если компилить из-под Х, пиши make xconfig. Осторожно настрой кернел, потом сохрани
настройку и пиши make dep, потом make bzlilo, потом make modules и
make modules_install. Все!!! Добавь в lilo.conf соответствующие строчки, пиши lilo и ревуться. Кстати кернел чаще всего скомпиливается в корневой каталог.