Собственно, сабж. Из-за чего он может мигать. В документации ничего существенного про мигание не говорится. Сказано только, что:
а) LD2 предназначен для идентификации соединения USB.
б) дефолтное состояние - красный.
в) Если идет передача через ST-Link, он мигает красно-зеленым.
Такое поведение говорит о внутренних багах программы (а они там есть, куда ж без них=) ) или он показывает, что плата в режиме ожидания сигнала от Мастер-девайса, или просто, что плата соединена через User USB?