автозагрузка

Я не знаю что такое proftpd, поэтому скажу вот что:
- В gentoo для того чтобы демон стартовал вместе с системой нужно прописать "rc-update add demon default"
- Для запуска с системой обычных программ нужно прописать в /etc/conf.d/local.start /usr/sbin/proga

Расположение и имя файла /etc/conf.d/local.start зависит от реализации скриптов загрузки системы.

То есть в файл "/etc/conf.d/local.start" нужно прописать строку "/usr/sbin/proga", или что там у тебя.

Не забудь, что ты говоришь только о генту.

Безусловно.