После установки Skype звук (в наушниках) глючит

Запусти alsamixer и установи громкость. Skype мог ее запросто завысить. Должна быть на 0, а не +5дБ или что-то подобное.

Если включить звук, то ещё скачет громкость и через некоторое время сам вырубается

Выруби в скайпе функцию «автоматическая настройка громкости» (или что-то подобное, точно не помню)

На Ubuntu 13.10 (а также на 13.04) помогает перезапуск скайпа(стоит в автозагрузке). Если запускать вручную, то косяка нет