автозамена буквы

Переопределить \cyre (или как-там).

Или ты всё таки хочешь вернуть ё на её законное место (в смысле в слова, где она должна быть)? Тогда любой спеллчекер, понимающий latex.

Я делаю

cat article.tex | sed s/ё/e/g > article-noyo.tex

Уродские правила издательства МАИК

не получится, так как есть слова которые правильно и с е и с ё. Те же все/всё — это нужно грамматику подтягивать.

man make

man tr

Для latex/pdflatex с \usepackage{babel}:

\let\cyryo\cyre
\let\CYRYO\CYRE

Для xelatex с polyglossia:

\catcode`ё=\active\defё{е}
\catcode`Ё=\active\defЁ{Е}