Должно настраиваться в самом приложении индивидуально в настройках (какой микрофон использовать). Но если приложение написано специально под определенную среду (например gnome или kde) то настраивается для всех оптом в настройках среды. Надо смотреть что за приложение.
Ну учитывая lxde, и постановку вопроса, то, щёлкни правой кнопкой мыши на значке регулятора громкости и выбери пункт «Настроить «Управление громкостью»». В котором выключи микрофон (поставь значёк «mute»).