Конечно можно - даже есть много IDE которые позволяют упростить этот процесс - JDeveloper от Oracle, Microsoft Visual J++ (MS диалект Java) - под Win32, JBuider от Bоrland,- под Linux, и т.д. (Не стоит говорить, что программа разработанная на какой-либо платформе будет работать также и на другой платформе где есть Jvm)
Кроме того апплеты - это тоже программы с GUI
Насчет почитать - наверное начать с http://java.sun.com - там есть разделы Tutorial, Documentation ...
А лучше взять один из указанных IDE и начать действовать методом научного тыка
Дабы перевести сей оффтопик в эхотажную плоскость, замечу так же, что давно уже слабали биндинги GTK+ для Java (в особенности для gcj). Естественно, оно будет вовсе непортабельным, но всё равно прикольно.
Кстати, даст ли кто-нибудь простой пример, как с помощью gcj скомпилить Hello world в нативный ELF-бинарник? Я когда-то пытался делать это методом научного тыка, но ни хера не вышло. Спасибо.