Идея по управлению пакетами.

backup против.

Не понял. А что не так с бэкапом?

неудобно бэкапить /etc. неудобно работать из консоли. уже есть стандарт LFS, достаточно. пусть все следуют ему.

LFS я собрал, но он тем и плох, что через некоторое время 
захламляется. А хочется чтобы в любой момент знать что и где.

Бэкап записываем в "против" :)))

LFS это не linux from scratch, я имел ввиду FHS - http://www.pathname.com/fhs/

FHS лежит распечатанный прямо передо мной. Он сырой до нельзя, как я вижу. Они там сами не уверены куда что класть...

ну все равно часть настроек будет в /etc logrotate, init.d лучше пусть все лежит в одном месте - в /etc. пустая это затея. есть куча других более полезных занятий.

Ну init.d относится к init и лежать должно вместе с ним. да и логи тоже не само ядро пишет

А как быть с общесистемными разделяемыми библиотеками? Давайте тогда уж и программы статически линковать...

> LFS я собрал, но он тем и плох, что через некоторое время
захламляется.

показываю.  Все собрано из исходников.

$ ll /var/db/pakz/x*
-rw-r--r--  1 root  wheel  3725 Feb  6 13:11 /var/db/pakz/xlockmore#5.15.lst
-rw-r--r--  1 root  wheel  7728 Feb  6 13:11 /var/db/pakz/xlockmore#5.15.sha1
-rw-r--r--  1 root  wheel  8197 Feb  6 13:11 /var/db/pakz/xlockmore#5.15.stat
-rw-r--r--  1 root  wheel   613 Feb  4  2004 /var/db/pakz/xpdf#3.00_zyu.lst
-rw-r--r--  1 root  wheel  1450 Feb  4  2004 /var/db/pakz/xpdf#3.00_zyu.md5
-rw-r--r--  1 root  wheel  1681 Feb  4  2004 /var/db/pakz/xpdf#3.00_zyu.rmd160
-rw-r--r--  1 root  wheel  1732 Feb  4  2004 /var/db/pakz/xpdf#3.00_zyu.stat

если мне нужно удалить бесследно xpdf из системы, я просто делаю:
 
cd /
rmpak /var/db/pakz/xpdf#3.00_zyu.lst
sync; sync; sync
rm /var/db/pakz/xpdf#3.00_zyu.*