пути два:
1.)читаем маны по mutt и обращаем внимание на переменные mailboxes в ~/.muttrc
2.) курим маны по ~/.fetchmailrc особенно если после него идет procmail (раздел mda)
после просветления приходим к выводу, где нам лучше хранить почту юзера и настраиваем систему под себя
--
читайте маны - они рулеzz...