У меня сделано так: /usr/portage оставлен на месте, а distfiles и packages из него перенесены на на большой раздел. В /etc/make.conf сделаны следующие изменения:
Ещё для удобства я перенёс каталог временных файлов портежа из /var/tmp в /tmp/portage. Опять же, строка в /etc/make.conf:
TMPDIR=/tmp/portage
Скрипт emerge-webrsync, которым я постоянно пользуюсь вместо emerge sync, пришлось подредактировать руками, т.к. в нём жёстко задан временный каталог. Нужная стрка там где-то в начале.