где-то в ~/.gnome лежит файлик типа ``.smb.conf''
Есть основания предполагать, что там как в обычном smb.conf можно выставлять опции, и они будут использоваться наутилусом.
Не, локаль у меня такая же, только вот версия 2.4 (Fedora Core 1). Файлика smb.conf я в ~/.gnome не обнаружил, всетаки наверняка где то можно виндовую кодировку прописать :(