что сломалось?

Ты бы подробнее описал что, куда, к чему, а то нифига не понятно.

Так ниже русскими буквами написано что можно выбрать приложение каким открывать данный файл

Что за дистрибутив? Или это стандартное окно Гнома?

дистр дебиан ленни.

Такое окно появляется при двойном клике на jpg файле.
Независимо от того какому приложению назначить его обработку.
Если переименовать в file.jpeg то такое окно не вылазит

скорей всего упала привязка по расширению. И гном (совершенно обоснованно) считает открытие потенциально опасным