Вопрос следующий, прошу не указывать на то что он отчасти относится к Windows. Уже достаточно давно использую двойную загрузку, при которой на первом разделе стоит загрузчик Windows, а на втором (другом) стоит GRUB, при чем в mbr жесткого диска стоит стандартный виндовый/досовский загрузчик, передающий управление загрузчику в активный раздел.
Активным у меня стоит раздел с GRUB, до не давнего времени все работало нормально, при вызове из GRUB загружалась винда, но при перезагрузке опять вызывался GRUB. После обновления Windows XP, она после своей загрузки переключает флаг активности на свой раздел, как это убрать.