Все зависит от выполняемых задач, пристрастий, наиболее часто используемых приложений, мощности компьютера, уровня пользователя(опыта работы под Linux), а то уже много всего написано было..
Gnome/KDE - Если не разрабатываете - то как больше нравится, если планируете программировать - необходимо во многих случаях выбирать библиотеку (qt, gtk), чтобы, например, не тянуть qt при разработкке из gnome. Если есть желание постепенно переходить к консоли - windowmaker или fluxbox. Если хотите полностью настроить WM под себя - FVWM, если устраивает гном, но не хочется тянуть слишком много лишнего - xfce, если хочется прикольнуться - xpde :)