Где убрать автозагрузку Xwindow при login ?

это грузиться приложение xdm.убей его или в самом начале загрузочного скрипта /etc/init.d/xdm (или где он у тебя там) поставь exit 0

В файле inittab поставь по умолчанию вмесо init 5 init 3

Стандартный метод предусмотренный ОС это /bin/linuxconf