upgradepkg

>сначала устанавливает новую версию пакета, а потом стирает старую версию

С чего это вы взяли?

Ну он предустанавливает новую версию пакета, потом чистит то. что осталось нетронутым от старой, потом устанавливает новую.

>Почему бы не сделать просто upgradepkg сокращением для

потому что в таком случае после внезапно оборвавшейся установки пакета там может не оказаться ни старой, ни новой его версии. В нынешнем варианте вроде как большая часть случаев неправильного обновления должна отрабатываться.

все равно, что удалить нетворк менеджер, а потом пытаться его скачать с репозитория.

Попробуйте сделать

removepkg old.txz

installpkg new.txz

для Glibc, а мы посмотрим.

С чего это вы взяли?

из man

upgradepkg upgrades a Slackware package from an older version to a newer one. It does this by INSTALLING the new package onto the system, and then REMOVING any files from the old package that aren't in the new package.

А, теперь понятно.