> фрагментация в понимании fat32 и ntsf там есть, только она не мешает работе.
Фрагментация приводит к проблемам исключительно на убожестве по имени FAT (FAT12, FAT16, FAT32) во всех ее инкарнациях. По одной простейшей причине: метаданные жестко в начале раздела, данные -- размазаны по разделу. Если файл нефрагментирован, нужно выполнить два движения головкой: в начало раздела, после чего линейно читать откуда там указано. При фрагментации мы вынуждены постоянно дергать головкой туда-сюда. Практически все (ещё один источник будет ниже) тормоза проистекают из-за необходимости дергать головку "далеко".
На прочих ФС (включая NTFS, в чем, собственно, и состоит поправка) влияние фрагментации не столь катастрофично (метаданные размазаны по разделу вместе с данными, головка не ездит "далеко" даже при фрагментации).
Плюс, конечно, различная стратегия того, каким образом (в каком месте раздела) создавать новый файл. FAT делает тупо -- даже при заказе 1Мб выделит сначала первый свободный блок, а что там всего 32Кбайт, никого не волнует. Прочие же ФС при заказе 1Мб попробуют выделить такой блок, размер которого не менее запрашиваемого (возможно, там применяется ещё какая-то логика, но я глубоко не копал).