Файл-сервер продумать

просто так не засоветуешь.

составь нечто подобное ТЗ.

может и поможет коллективный разум лора.

Покопайте в сторону квот. Если юзвери будут видеть, что не все, что они хотят, влазит в сетевую папку, то будет одно из двух: либо теребление админа (в наиболее запущенных случаях - с привлечением администрации), либо (главное) осознание того, что это - не помойка

provtpd+PAM+Samba чем не устраивает?

FTP подходит как нельзя лучше.

http://wiki.samba.org/index.php/Samba_&_Active_Directory
Советую ознакомиться с документацией clamav, clamfs (антивирус). Доступом к ресурсам Samba своего сервера я управляю с помощью файловых acl. Если будут непонятности, спрашивайте.

Порядок надо начинать наводить с мыслей

1. Начните с того, что определитесь, какие группы информации у вас хранятся, например договоры, бухгалтерские отчеты, приказы, фотографии магазинов и т.п., временные файлы, дистрибутивы, документация, исходные тексты и т.п.

2. Выделите группы пользователей - руководство, бухгалтерия, юристы, торговцы, ИТшники, безопасность и так далее

3. Опередлите к какой группе информации имеет какой доступ каждая из категорий (групп) пользователей

4. Создайте иерархию соспоставленную группам информации, на каждый каталог верхнего уровня раздайте права нужным группам... И всё, задача практически решена

Все остальное - технические детали - будете ли вы использовать LDAP, FDS, winbind ли что-то еще, это уже не важно :-)

Если есть AD - используй!