По мотивам http://www.linux.org.ru/view-message.jsp?msgid=4143651#comment-4149433
В моем случае тоже с utf8 всё отлично, а с utf8x некорректно генерятся теги в pdf.
Задался я целью разузнать в чем разница между utf8 и utf8x.
Ребята из Docutils вероятно тоже сталкивались с этой проблемой и пишут следующее (на http://docutils.sourceforge.net/docs/user/latex.html):
utf8: by the standard inputenc package with only limited coverage (mainly accented chars, only few non-alphabetic symbols, no Greek or Cyrillic).
utf8x: supported by the ucs package covers a wider range of Unicode characters than does "utf8". It is, however, a non-standard extension and no longer developed.И похоже что они правы - http://tug.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/unicode/. Последние изменения, не считая uni-1.def от 2008-10-12, были сделаны в 2004м году.
Значит, хоть utf8x и покрывает большее количество символов чем utf8, но использовать его не стоит. Или я ошибаюсь?