Автозагрузка

Диск "грузиться" не может. Он может монтироваться. Для этого надо добавить соответствующуй строчку в /etc/fstab. man mount и man fstab содержат всю необходимую информацию о том, как это сделать. Вопрос о том, какие программы запускаются значительно более сложный. Эта информация рассредоточена как минимум в трех местах. Только одно из этих мест жестко фиксировано: это файл конфигурации init (/etc/inittab), остальные зависят от дистрибутива. А именно: стартовые сценарии (которые чаще всего можно найти в /etc/rc.d, но в некоторых дистрибутивах такой директории нет вовсе. Например, в debian это rc?.d, где ? число от 1 до 6, а в slackware, напротив, /etc/rc.d есть, но имеет совершенно другую структуру). И, наконец, некоторые дистрибутивы могут сразу грузить gui. Так делает, например, Mandrake. А уж какие программы будут при этом запущены зависит еще от доброго десятка файлов.

На счёт автозагрузки - это посложнее, чем в винде. Тут и инициализационные скрипты (/etc/rc.d), и /etc/profile, и автозагрузка у KDE/GNOME (у КДЕ - /home/$USER/.kde/Autostart - у меня), ещё можно в контрол сентере посмотреть, там тоже есть список стартующих сервисов кде-шных. Но самые главные - это скрипты /etc/rc.d(у некоторых /etc/rc.d/init.d) Список загружающихся при запуске сервисов - ntsysv(не для Slackware). Для fat - надо прописать его в /etc/fstab. Смотри man mount, /etc/fstab.