cuebreakpoints из пакета cuetools + shnsplit из shntool. Теги потом cuetag.sh'эм вобъешь.
cuebreakpoints some_file_name.cue|shnsplit some_wav_name -o 'cust ext=ogg oggenc --quality=n - -o %f'; cuetag.sh file.cue *ogg
Переименовать потом можно через ogginfo или через easyTag.
у cuetag есть баг неприятный, правиться за три секунды в `which cuetag.sh` - он не понимает имен файлов с пробелами.