В голову приходит разве что проктологический вариант:
* Вывести список пакетов групп base и base-devel в файл
* Вывести список всех установленных пакетов в другой файл
* Вычислить разность между этими множествами и сохранить в третий файл
* Удалить пакеты, список которых в третьем файле
посмотри в /var/log/pacman.log
там с самого начала базовые пакеты ,которые при устаналивались с системой (по тайм-штампу,думаю, поймешь) а дальше тупо парсить и скормить Pacman-у =)