Выполнить команды от имени root после запуска kde4.2

Добавь в /etc/sudoers нужные команды на выполнение нужным юзером без пароля. Ну, и в автозапуск их.

~/.kde/Autostart

можешь туда скрипт положить. Или ссылку на приложение (*.desktop), в ее свойствах есть запуск от другого пользователя

Покопайся-ка вот здесь:

/usr/share/config/kdm/ (так на генте с kde 4.2)

/usr/kde/3.5/share/config/kdm/ (аналогично на генте с kde-3.5)