emacs в каждой папке сохраняется semantic.cache

Например,

(setq semanticdb-default-save-directory "~/.semantic")

>и "Название открваемого файла"~. Как от этого можно избавится? Или это так и должно быть.

А вот это с тильдочкой -- это backup.
Запретить создание резервных копий можно так:

(setq make-backup-files nil)

Спасибо

А как сделать что бы все бекапы сохранались в одну указаную папку, что бы если что в этйо куче можно было найти файл.

Например, в ~/.backup:

(setq make-backup-files t)
(setq backup-directory-alist  
      '(("." . "~/.backup")))

Соответственно, можно в зависимости от регекспа в первой части 
разбрасывать резервные копии по разным каталогам.