Какая разница между init 3 и init 5 в Ubuntu?

Традиционно нет никаких традиций.

В Ubuntu как и в Debian'e есть только 2-ой runlevel (0,1,6 не в счет)

/etc/inittab

> /etc/inittab

http://upstart.ubuntu.com/

just another bicycle

который, тем не менее, уже в трёх релизах убунты и не требует inittab'а

+ в федоре и в experimental

Судя по всему в ближайшем будущем inittab останется только в слаке.

Upstart!!! И никакого inittab'а там нет и в помине! Загляньте в /etc/event.d - там находятся скрипты, выполняемые при определённых событиях (в т.ч. при нажатии "трёх пальцев" или изменении rulevel'а, что в данном случае - фикция)

> Судя по всему в ближайшем будущем inittab останется только в слаке.

И Патрику за это большой респект!