BibTeX и PdfLaTeX

Перед тем как запускать bibtex, нужно создать .aux (всё тем же pdflatex). Создавали?

сначала запустил компиляцию в pdfLaTeX потом bibTeX 

вот вывод pdfLaTeX

Running `LaTeX' on `referat' with ``pdflatex  "\nonstopmode\input{referat.tex}"''
This is pdfeTeX, Version 3.141592-1.30.5-2.2 (Web2C 7.5.5)
entering extended mode
LaTeX2e <2003/12/01>
Babel <v3.8g> and hyphenation patterns for english, usenglishmax, dumylang, noh
yphenation, ukrainian, russian, bulgarian, loaded.

(./referat.tex (./G7-32.cls
Document Class: G7-32 2003/07/01 v1.0 Non Standard LaTeX document class
(./GostBase.clo (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/extsizes/size14.clo))
(./G2-105.sty (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/fontenc.sty
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/cyrillic/t2aenc.def)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/cyrillic/t2acmr.fd))
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/inputenc.sty
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/cyrillic/koi8-r.def))
(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/babel/babel.sty
(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/babel/english.ldf
(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/babel/babel.def))
(/usr/share/texmf-texlive/tex/generic/babel/russianb.ldf))
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/flafter.sty)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/amssymb.sty
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/amsfonts.sty))
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/was/icomma.sty)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/leqno.clo)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/caption/caption2.sty)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/tools/longtable.sty)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/footmisc/footmisc.sty))
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/geometry/geometry.sty
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/keyval.sty)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/geometry/geometry.cfg)) (./G7-32.sty))
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/fontenc.sty
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/cyrillic/t2aenc.def))
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/graphicx.sty
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/graphics.sty
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/trig.sty)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/config/graphics.cfg)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/graphics/pdftex.def)))
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/listings/listings.sty
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/listings/lstpatch.sty)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/listings/lstmisc.sty)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/listings/listings.cfg))
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/tools/afterpage.sty)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/listings/lstlang1.sty)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/listings/lstlang2.sty)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/listings/lstlang3.sty) (./referat.aux)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/context/base/supp-pdf.tex
(/usr/share/texmf-texlive/tex/context/base/supp-mis.tex
loading : Context Support Macros / Miscellaneous (2004.10.26)
)
loading : Context Support Macros / PDF (2004.03.26)
) [1{/var/lib/texmf/fonts/map/pdftex/updmap/pdftex.map}] [2] [3] [4] [5]
[6] [7]

LaTeX Warning: Citation `StahanovLinux' on page 8 undefined on input line 240.

[8]

LaTeX Warning: Citation `StahanovLinux' on page 9 undefined on input line 273.

(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/umsa.fd)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/amsfonts/umsb.fd) [9] [10] [11]

LaTeX Warning: Citation `LFeditors' on page 12 undefined on input line 382.

[12] [13]

LaTeX Warning: Citation `LFlatex' on page 14 undefined on input line 486.


Overfull \hbox (6.75322pt too wide) in paragraph at lines 484--487
[]\OT1/cmr/m/n/14.4 T[]X \T2A/cmr/m/n/14.4 Live ^^V ЩРН ЯБН^^?АНД^^?МШИ ЯНТР. л
ЮМ^^?РЕИ^^?МЕ^^?ПШ ДХЯ^^?РПХ^^?АС^^?РХ^^?БЮ ХЯ^^?ОНКЭ^^?ГС^^?ЧР НОПЕ^^?
[14]

LaTeX Warning: Citation `LFmaxima' on page 15 undefined on input line 522.

[15] <figure/icewm.png, id=76, 1284.8pt x 803.0pt> <use figure/icewm.png>

LaTeX Warning: Float too large for page by 3.68019pt on input line 560.


LaTeX Warning: `h' float specifier changed to `ht'.

(/home/vlad/.icewm/preferences) (/home/vlad/.xxkbrc
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/base/omscmr.fd) [16] [17] [18 <./figure/ice
wm.png (PNG copy)>])

LaTeX Warning: Reference `fig:emacs-reftex' on page 19 undefined on input line 
608.

> I found no \bibdata command---while reading file referat.aux

это я видел но непонял почему так происходит

В исходнике реферата команды \bibliographystyle и \bibliography присутствуют? Стиль какой используется?

\bibliographystyle{gost780s} 
\bibliography{lit1.bib} 

стиль вот отсюда http://mydebianblog.blogspot.com/2008/09/732-2001-latex.html

вот шапка

\documentclass[a4paper,14pt]{G7-32}
\usepackage[T2A]{fontenc}
\usepackage[koi8-r]{inputenc} 
\usepackage[english,russian]{babel} 
\usepackage{graphicx}
\usepackage{listings}
\usepackage{afterpage}

я уже говорил выше что в dvi все компилится без проблем

> \bibliography{lit1.bib}

Тут расширение не надо указывать, просто \bibliography{lit1}.

Не я уже понял что дело не в этом. Просто создается неверный aux файл. Он обрывается на середине

С пустым документом у меня aux файл создаётся правильный. Берёшь свой реферат и выкидываешь кусок за куском, пока не заработает.