для начала лучеше конечно кде - она хоть ресурсов и больше ест, но зато там всяких удобных и полезных штучек куча, которых в гноме лично мне откровенно не хватало (хотя я честно пытался одно время в нем работать, т.к. внешний вид гнома мне нравится больше - особенно иконки). А программы будут работать и там и там - с этим проблем нету.
От версии зависит. В новых дистрибутивах лежат GNOME 2.2 и KDE 3.1, и выбор тут неоднозначен. В KDE есть VNC-совместимый сервер удалённого управления (этакий общий рабочий стол), собственный файловый сервер, нехилый браузер (Konqueror), там очень удобно настраивать файловые ассоциации с приложениями, меню настраивается. Но зато в GNOME Nautilus нынче способен на такие финты как просмотр и визуальная инсталляция шрифтов (перетаскиванием!), прожиг болванок CD-R/RW (и тоже перетаскиванием!), имеется и симпатичный менеджер печати (разработка Sun Microsystems, только для пользователей системы печати CUPS), позволяющий наблюдать за очередями печати, кправлять заданиями и печатать документы перетаскиванием (по крайней мере, в Red Hat 9 включена эта прога), очень мощное управление хранителями экрана. Но есть и недостатки - неразвитые средства редактирования файловых ассоциаций и нередактируемое меню (что, впрочем, компенсируется возможностью создания "ящиков" на панели задач - крутейшая штука!). Так что, за несколько лет работы в Linux я для себя так и не смог решить где же работать. Я просто попеременно работаю в GNOME, KDE, Window Maker и командной строке (которая тоже является прекрасной средой обитания в отличие от таковой в DOS/Windows).