как запоролить виртуальные машины в vmware или в virtualbox

А средства разделения полномочий в ОС пошто?

Как вариант.

$ls -l ~/.VirtualBox
lrwxrwxrwx 1 user user 45 2007-12-12 16:24 /home/user/.VirtualBox -> /path/to/temp/.VirtualBox/

$cat vbox.sh

#!/bin/bash
truecrypt /path/to/vb.tc /path/to/temp
VirtualBox &
exit 0

Т.е. держать VM внутри криптоконтейнера

что такое "пороль"? :)