ATI Radeon 9000 Pro + XFree86 4.3.0

блин ну у тебя нету нормального режима для твоего монитора. modlines проверь

Modelines написал но не помогло. Похоже, что там проблема с тем что в драйвере по умолчанию DVI выход primary, а у меня CRT монитор подключенный к VGA выходу.

Если не сложно, pls. , поделитесь рабочим XF86Config (smike@email.ru).

Это какая-то двухголовая бага... Ты себе биос на радеоне не перепрошивал?
Мне пришлось ковырять исходники драйвера, добавлять опшн, чтобы форсировать использование HEAD 2 (vga разъём) не смотря ни на что.

Да похоже придется ковырять исходники.