дык все программы и не запустятся :)
какие запускаются можно посмотреть на www.winehq.org
в разделе Application Database. Если надо запускать
игры, то топай на transgaming.com и качай из cvs
winex. Что касается настройки, то в файле ~/.wine/config
каждая галка подробно описана. А если еще при этом читать
параллельно Wine-HOWTO то вобще все легко.