Сетевым сканер сделать можно - для этого на сервере запускается серверная прога saned (открывает порт и слушает - ждёт клиентов). Так что, как всегда, man saned.
Но это всё относится к API SANE, а ведь Виндузы используют TWAIN... Так что, либо ищем SANE для Виндозы (если он вообще есть), либо переводим всех на Linux :)