Копировать все поддиректории и файлы в алфавитном порядке

> Как?

Никак. Файловые системы(ну не считая заплесневелого FAT-а, и в том эта возможность была недокументированной) не гарантируют, что порядок, в котором были записаны файлы в каталог, сохранится при их чтении оттуда.

Через сортировку ls

for i in `ls` ; do
 cp $i $dst
done
# рекурсивность додумать по необходимости

http://forum.ubuntu.ru/index.php?PHPSESSID=be5a087f26c473247a8beedfd845b50e&a...